根据上述职责，市规划和建设局设置15个职能科室：
　　一、 办公室
　　负责综合协调机关政务工作和文秘、档案、保密、信访、外交、对外联络、接待等工作，负责局机关财务管理；负责局机关的政务信息和目标管理工作；组织办理市人大代表建议、市政协委员提案和局领导交办的重大事项的检查督促工作；负责局党组会、局长办公会和综合性会议的会务工作。
　　二、 计划财务科
　　拟定全市城市建设的发展战略、中长期规产业政策；组织编制建设行业发展规划；负责编制城市建设、维护项目计划和年度支出计划；负责城市维护建设资金的计划安排并监督管理；综合管理各专项资金的分配；综合管理行业招商引资、对外经济合作；综合管理建设系统的计划、财务、统计、审计工作；负责直属事业国有资产管理工作。
　　三、政策法规科
　　组织政策调研，编制行业法制建设规划和计划；负责组织本行业规范性文件的起草、审查和报批工作；负责城市规划和建设监察共作；指导行业行政执法、执法监督、行政复议及行政诉讼工作；对城市规划区内建成区外违法违章建设案件和建成区内外的已办理建设工程规划许可证但未竣工验收的工程的违法违章建设案件进行审查、处罚的督办；协调各区县规划行政执法有关工作；指导行业的法制建设、法制宣传和直属事业单位的改革工作；指导和协调建设系统的社团管理工作。
　　四、规划编审科
　　负责承办城市总体规划、城镇体系规划、分区规划、详细规划、各类行业规划和风景名胜区、历史文化名城保护规划的组织编制及其审查上报或审批工作；负责起草历史文化名城保护和风景名胜区规划管理的规范性文件；负责组织划定风景名胜区、名城保护和重点文物保护单位的保护范围工作；负责城市户外广告规划的组织编审和报审工作；负责指定和下达城市规划区内各类规划的编制条件和出让、转让等地块的规划设计条件；负责承办市规划委员会办公室的日常工作；参与有关部门行业的编制工作；组织编制全市道路系统规划和工程管线规划；参与大型和重点建设项目的选址论证；负责城市规划设计行业管理；负责注册规划师管理。
　　五、建设规划管理科
　　 负责研究起草城乡规划实施管理的规范性文件和技术规定；负责城乡规划管理的业务技术工作；负责办理建设工程项目选址的论证和有关前期工作；负责建设工程项目的规划选址定点；负责下达建设工程项目的规划设计条件；负责建设工程项目建筑设计方案的规划审查；负责建设工程项目施工图的贵哈审核；负责各建设项目规划执行的监督检查、跟踪管理；参与贵哈执法处罚；指导、联系各区规划办公室工作。
　　六、 市政规划管理科
　　负责研究起草城市市政基础设施配套规划实施管理的规范性文件；负责全市道路、工程管线等市政基础配套设施的规划管理；负责城市地下管网空间开发建设的规划管理；负责城市测量管理工作。
　　七、 城市建设科（挂自贡市重点工程建设领导小组办公室牌子）
　　负责城市建设项目的前期准备工作；负责建设工程项目实施阶段的管理工作，起草相关的规范性文件；参与建设项目概算的调整工作；指导城市基础设施建设，负责市政工程建设项目的初步设计审查和竣工验收工作；负责市政基础设施项目的概算、预算审查；负责编制年度重点建设项目实施计划和工程建设中有关组织协调工作；承办市重点工程建设领导小组的日常工作。
　　八、村镇建设科
　　研究制定县以下建制镇、集镇和村庄建设的政策措施，起草相关规范性文件；组织编制村镇建设的发展规划监督实施；指导县域城镇体系规划、村镇规划的编制及评审、审批；指导村镇的综合开发、配套建设工作；统筹、协调、检查、督促小城镇建设试点工作；承办市小城镇建设领导小